Giống như với tất cả các liệu pháp điều trị bằng nội tiết tố, thuốc đối kháng GnRH cũng có các tác dụng phụ của nội tiết tố như bốc hỏa, đau đầu, buồn nôn và tăng cân.[18][19][20] Khi được sử dụng trong điều trị khả năng sinh sản, chúng cũng có thể gây ra đau bụng và quá kích buồng trứng. Các thuốc tiêm dưới da gặp phản ứng tại chỗ tiêm[21] và abarelix gặp phản ứng dị ứng toàn thân khởi phát tức thì.[22]